A templom története folyamán tatár, török, osztrák, labanc vagy saját vére többször lerombolta, természeti csapások tették tönkre vagy szűknek bizonyult, s mindezekért többször újra kellett építeni, bővíteni. Az újjáépülésekor az akkori korízlésnek megfelelően mindig más és más építészeti stílusban újult meg. A román-kori építészeti stílusjegyeken kívül megtalálhatóak a gótikus, valamint a barok, copf stílusjegyek. A gótikus átépítés a XV. század második felében, a barokk, copf stílusban az átépítés 1766 és 1773 között történt. 1930-ban egy mellékhajóval bővült. A toronyban elhelyezett emlékirat tartalma miatt a több évig tartó alfalvi "memorandum per" keletkezett.

Ennek a templomnak volt papja István hitvédő pap, a csíksomlyói pünkösdi búcsú elindítója, P. Domokos Kázmér püspök (Gyergyóalfalu ideiglenes püspöki székhely volt), Andrássy Antal -az 1848-1849-es szabadságharc mártírja, Zomora Dániel - a későbbi gyulafehérvári püspökhelyettes, gróf Mikes János - a későbbi szombathelyi püspök, Gaál Tamás az iskola- és templomépítő pap.

A kőportálé a román-kori építészet remeke. Ez maradt meg az ősi templomból. A kőportálé tagozott bélelettel bír. A félkör formából kiindulva a béleletet kívülről keskenyedő félhengerek alkotják. Az általánosnál díszesebb a bélelet.

A fõoltár barokk stílusban készült 1773-ban. Az oltár felső részén Szent Margit szűz és vértanú képe látható. A középső részt a négy ion fejes oszlop és pillaszterek három részre osztják, ahol három szobor található (Mária, Szent Simon és Szent Júdás Tádé)

1896-ban Ávéd János négy színes üvegablakot ajándékozott a templomnak. 1930-ban Lukács István, Jakabffy Miklósné, Ávéd Bözsi és az egyházközség öt színes üvegablakot vásárolt a csehországi Grouttaubó a templom számára. A legrégebbi harangot (1537) és három társát az első világháború idején (1916. augusztus 2.) hadi célra elvitték, csak az 1909-ben Róth István által ajándékozott 813 kg tömegű harang maradt meg. 1929-ben az egyházközség a soproni Seltenhoffer műhelyből négy harangot vásárolt: Szentháromság harang - A hangú,410 kg , Szent Margit harang - C hangú,230 kg,(1944-ben elvitték) Szent Antal harang - F hangú, 80kg, Szent István harang - 170 kg (Borzonton van).

Az ősi templom falait freskók díszítették. Az 1766-1785 közötti templomépítés és bővítés alkalmával ezek megsemmisültek. Az új falak felrakásakor s freskókra utaló faldarabokat is beépítették. 1930-ban, a mellékhajó építésekor ezek a régi festett falmaradványok előkerültek, amelyek egyértelműen bizonyítottak azt, hogy az ősi templom falain freskók voltak. A 2007-ben feltárt freskók 1785 után készültek. Ezek a freskók a sok gyertyafüsttől és az időszakos nagy páratartalomtól megrongálódtak. 1958-ban a templomfestés alkalmával a freskókat lemeszelték és új freskókat festettek, a Rózsafüzér 15 titkát jelenítették meg. Alig 35 év után a freskók színei elhalványultak, nem tartották felújításra érdemesnek, lemeszelték. 2007-ben a régebben festet freskók egyikének részlete napvilágra került. Az egész freskót megszabadították a ráfestésektől s úgy határoztak, hogy a többi freskót is feltárják, restaurálják. A felújítási munkálatokat Czimbalmos Attila és Maszelka János restaurátor művészek végezték. Ugyanekkor felújították a Szent Ferenc és Szent Mihály oltárok oltárképeit is.Szintén 2007-ben a főoltár mellé két nagyobb méretű képet helyeztek el (Csíksomlyói pünkösdszombati zarándoklat és Maradunk. A képeket Veredics Lajos budapesti festőművész festette. A restaurálási munkálatokat és a két kép festésének díját az Egyházközség fedezte, de az adakozó magánszemélyek és a községből elszármazott, Magyarországon élő volt falutársaink és leszármazottaik, Bege Attila által kezdeményezett és szervezett gyűjtések, valamint rendezvények bevételei is hozzájárultak.